El IAC queda sometido a un control de supervisión continua que ejerce el Ministerio de Hacienda y Función Pública a través de la Intervención General de la Administración del Estado, en los términos que prevé la Ley 40/2015. El control interno lo realiza la Intervención General de la Administración del Estado bajo las modalidades de control financiero permanente y de auditoría pública. El control financiero permanente se realizará por la Intervención Delegada en el IAC. Por su parte, el control externo de la gestión económica y financiera corresponde al Tribunal de Cuentas a través de la Intervención General de la Administración del Estado.

Las cuentas anuales son aprobadas en el Consejo Rector.