El Programa Severo Ochoa está liderado por el Director Científico (Prof. Rafael Rebolo), quien preside un Comité de Coordinación, formado por dos representantes por cada una de las seis líneas de investigación del IAC, los coordinadores de Investigación y de Instrumentación y el gerente de la Oficina de Transferencia y Acciones Institucionales. El coordinador de Investigación actuará como Director Adjunto del Programa. Este Comité de Coordinación Severo Ochoa tomará todas las decisiones estratégicas sobre el Programa y se reunirá periódicamente.
El seguimiento del Programa IAC Severo Ochoa será realizado por el Comité de Dirección del IAC.
La Gestión del Programa ha sido asignada a la Oficina de Transferencia y Acciones Institucionales (OTAI), con amplia experiencia en la gestión de proyectos estratégicos a nivel nacional e internacional.
Las actividades de Divulgación relacionadas con el Programa Severo Ochoa se realizan en colaboración con la Unidad de Comunicación y Cultura Científica (UC3).
Tanto la OTAI como la UC3 dependen de la oficina del Director.